W skład każdej fajki wodnej wchodzą następujące elementy: dzban, wąż, korpus, cybuch i uszczelki, i każdy z nich wymaga zastosowania innych metod mycia, i konserwacji.
1. Dzban
a: Po każdym użyciu fajki należy wylać wodę i wypłukać dzban – ciepłą wodą z płynem do mycia naczyń.
b: W przypadku kiedy ta czynność nie daje pożądanego efektu należy umyć dzban wyciorem (grubym). Jednak ze względu na kształt niektórych dzbanów wycior nie dociera do wszystkich miejsc.
c: Najlepszy efekt mycia i usuwania wszelkich zapachów (dlatego wykonywanie tego procesu zalecane jest raz na kilkanaście użyć fajki) daje użycie roztworu ok. 100ml alkoholu (np. Denaturat) i szklanki soli.
Po wlaniu roztworu zatykamy otwór dzbana i potrząsamy do uzyskania pożądanego efektu.

Pamiętaj! Ten sam roztwór można powtórnie wykorzystać do mycia pozostałych części fajki.

2. Wąż

Nie należy myć węży nienadających się do mycia, np.: wykonanych z naturalnej skóry czy papierowych owiniętych folią.
a: Ze względu na konstrukcje jedyną metodą czyszczenia węża wewnątrz jest płukanie poprzez przepuszczanie przez węża strumienia zimnej wody. Następnie po napełnieniu węża w około połowie wodą, potrząsamy nim i wylewamy wodę.
Jeśli wylana woda zawiera osad lub zabrudzoną wodę czynność należy powtarzać do skutku.
b: W przypadku kiedy wąż jest mocniej zanieczyszczony (np. wciąganie przez niego powietrza lub dmuchanie jest utrudnione) i dodatkowo chcemy usunąć niepożądane zapachy należy użyć roztworu sody oczyszczonej i wody w proporcji ok. 1:5. Przy użyciu lejka należy wlać roztwór do węża i dalej postępować jak w pkt. 2a.
c: Do mycia elementów stanowiących zakończenie węża (część z ustnikiem i część mocowana w korpusie fajki) używamy wody z płynem do mycia naczyń i wyciora (wąskiego).

Po umyciu węża rozwieś go, co pomoże w usunięciu wody.

3. Korpus
a: Przy czyszczeniu korpusu należy wyczyścić rurkę wąskim wyciorem wodą z płynem do mycia naczyń.
b: Następnie myjemy każde połączenie gwintowane. Dotyczy to połączenia korpusu z dzbanem, (jeśli takie występuje), zaworu z kulką, adaptera do węża i innych w zależności od konstrukcji fajki. Szczególną uwagę należy zwrócić na zawór z metalową kulką. Ponieważ pod wpływem wody kulka śniedzieje, przywiera do zaworu i blokuje jego działanie. W przypadku mocno zabrudzonej kulki można użyć drobnego papieru ściernego do jej oczyszczenia.
c: Konserwację połączeń gwintowanych wykonujemy przy użyciu oleju, wazeliny lub innej substancji wspomagającej jego pracę.

4. Cybuch

Następnie usuwamy zwęglony tytoń do kosza, – jeśli nie masz pewności czy jest ciepły przepłucz go wodą, a następnie wyrzuć.
Cybuch czyścimy pod bieżącą woda z dodatkiem płyny i „druciaka” do szorowania garnków.

5. Uszczelki
Każda uszczelkę należy zdemontować i umyć wodą z płynem. Wilgotna uszczelka lepiej przylega do korpusu niż sucha. W przypadku zniszczonych uszczelek niegwarantujących szczelności połączeń należy uszczelkę wymienić na nową.